Trước đây, Phan Đình Phùng là một xã thuộc huyện Mỹ Hào.

Ngày 13 tháng 3 năm 2019, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết 656/NQ-UBTVQH14 (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 1 tháng 5 năm 2019)[1]. Theo đó, chuyển huyện Mỹ Hào thành thị xã Mỹ Hào và thành lập phường Phan Đình Phùng trên cơ sở toàn bộ 7,52 km² diện tích tự nhiên và 11.815 người của xã Phan Đình Phùng.